Žaidimo Counter-Strike: Reboot herojus su jūsų pagalba turės dalyvauti dvylikoje misijų. Kadangi turinys laikomas griežtai paslaptyje, tikslai bus atskleisti, kai atliksite ankstesnę misiją. Pirmasis vadinamas Alfa ir jūsų užduotis yra atremti teroristų, norinčių užimti jūsų bazę, išpuolį. Kitose misijose turėsite atlikti kitas užduotis, tokias kaip: išlaisvinti įkaitus, sunaikinti teroristų bazes, valyti minas ir pan. Visų misijų laikas yra ribotas, todėl Counter-Strike: Reboot problemas turite išspręsti greitai ir efektyviai.
