„Secret Lagoon“ istorijoje sutiksite Paulių. Jis yra trečiosios kartos jūreivis ir dažnai keliauja ant savo mažo laivo plaukdamas. Herojus mėgsta tyrinėti naujas vietas, vykstančias ilgose kelionėse. Šį kartą jis buvo puikiai pasisekęs, jis rado lagūną, kuri nėra pažymėta jokiame žemėlapyje. Atrodė keista, nes beveik nėra baltų dėmių, visa sala buvo pažymėta ir ištirta, ir dėl kokių nors priežasčių jie praleido šią lagūną. Kapitonas ruošiasi įtvirtinti ir išsamiai išnagrinėti vietą. Jis nori išsiaiškinti, kurie objektai buvo čia priešais, ir kodėl jis dabar yra apleistas.
