Ne veltui mūsų nindzė daugelį metų sekino treniruotes aukštų kalnų vienuolyne. Jų dėka jis tapo geriausiu savo versle, ypač greitas ir judrus. Ir dabar pasaulio, kuriame jis nori gyventi, likimas priklauso nuo jo įgūdžių ir sugebėjimų. Yra atominės elektrinės sprogimo grėsmė. Jis yra toli nuo apgyvendintų vietovių, tačiau jei įvyktų sprogimas, jis būtų tokios galios, kad niekam neatrodytų. O iš gimto herojaus kaimo nelieka net saujelės pelenų. Per kelias minutes turite patekti į stotį ir išjungti reaktorių. Tai vis tiek galima padaryti, tačiau, išskyrus nindzę, niekas neturi tokio greičio. Bet jis turės bėgti, aplenkdamas daugybę kliūčių, ir čia jūs negalite išsiversti be pagalbos jam užbaigti lygius, kol nebus baigtas laikas „Branduolinės nindzės“ žaidime.
