Trečioje žaidimo „Sonic Advance 3“ dalyje jūs ir toliau padėsite drąsiajam Sonicui ir jo draugams kovoti su pamišusiu daktaru blogiu. Beprotis nori pastatyti visą miestą, kuriame augins monstrus. Norėdami tai padaryti, jam reikės Chaoso akmenų. Sonic pirmiausia turi juos rasti. Prieš jus ekrane bus matomas jūsų personažui ir jo palydovui. Naudodami valdymo klavišus valdysite abiejų herojų veiksmus iš karto. Turėsite priversti juos judėti vietoje ir atidžiai viską išnagrinėti. Ieškokite akmenų ir daiktų, išsibarsčiusių visur, ir surinkite juos. Pakeliui susidursite su kliūtimis ir spąstais, kuriuos herojams teks peršokti. Jei jie susitiks su monstrais, veikėjai galės juos apeiti arba sunaikinti prisijungdami prie mūšio. Už oponentų nužudymą gausite taškų Sonic Advance 3.