Matricoje buvo sukurti keli prototipai ir vienas iš jų, numeris 09435, pasirodė esąs sėkmingiausias. Tai skaitmeninis berniukas, kuris pradėjo nuostabiai greitai vystytis ir netrukus panoro tyrinėti išorinį pasaulį. Jis rado būdą palikti matricą ir nuėjo pas Prototype Guy. Kūrėjai nusprendė vaikinui netrukdyti, prašo padėti jam adaptuotis, įveikti kliūtis. Būtina šokinėti per aštrius smaigalius ir kvadratinius robotus. Beje, robotai gali būti sunaikinti, jei užšoksite tiesiai ant jų. Jei kliūtis neįveikiama, herojus pradės iš naujo žaidime Prototype Guy.
