Mafija Japonijoje vadinama Yakuza ir yra labai rimta nusikalstama organizacija, veikianti už įstatymo ribų pagal savo taisykles. Jei jai ko nors reikia, ji to imasi, nepaisydama tų, kurie jiems trukdo, gyvenimo ir poreikių. Samurajus vs Yakuza supažindina jus su samurajumi, kuris nori išgelbėti savo kaimą. Banditai ją pamėgo dėl senovinės šventyklos, esančios jos teritorijoje. Šioje šventykloje yra keletas vertingų figūrėlių, kurias norėjo turėti jakudzos vadovas. Mūsų herojus kliudė visai mafijos armijai ir su jūsų pagalba atrems juodais chalatais apsirengusių plėšikų puolimą žaidime Samurajus vs Yakuza.
