Žaidimas Alien Quarantine vyksta slaptos laboratorijos teritorijoje, kurioje atliekami eksperimentai su pagautais ateiviais. Vienam iš ateivių pavyko išsivaduoti, jis išlaisvino kitus ir laboratorijoje prasidėjo tikras chaosas. Žaidimo Alien Quarantine herojus siunčiamas į žvalgybą, tačiau susiduria su pavojingu priešu. Jam reikia atkurti apsaugos sistemą, kad monstrai neįsiveržtų į kitus sektorius. Norėdami tai padaryti, turite suaktyvinti keletą įrenginių, judančių ir šaudančių, išvengiant ateivių atakų.
