Padaras, vardu Pixelmon, gyvena „Minecraft“ pasaulyje. Kažkaip mūsų herojus išvyko į tolimiausius šalies regionus, kad čia apsigyventų ir pastatytų mažą miestelį. Jūs žaidime „Pixelmon Craft“ padėsite jam tai padaryti. Priešais save ekrane pamatysite savo personažą, esantį tam tikroje vietoje. Jo šone bus matomas nedidelis žemėlapis su piktogramomis, nurodančiomis įvairių išteklių vietą. Jūsų herojus turės aplankyti visas šias vietas ir gauti šių išteklių. Tada, naudodamiesi specialiu valdymo pultu, pradėsite statyti įvairius pastatus mūsų herojaus poreikiams. Taip pat galite sukurti naujų įrankių ir ginklų.