Nindzių karalystė vėl nerimsta – požemiuose pabudo senovinis blogis, kurio įtaka pasklido ir karalystės gyventojams. Pasėliai išdžiūsta, žmonės ir gyvūnai serga, o tai mažina iždą. Žaidime Kingdom of Ninja 2 karalius nindziai vėl eis į požemines šventyklas, kad išvaduotų jas nuo blogio būtybių. Be to, kiekvieną anapusinių būtybių pasirodymą taip pat lydi skrynios su auksu judėjimas į labirintus. Tai keistas reiškinys, tačiau pastebėta, kad išnykus visiems lobiams, monstrai ištirpsta. Tai labai laimingas sutapimas, nes tokiu būdu karalius galės papildyti iždą ir paremti savo valstybės gyventojus. Jūs eisite su juo pogrindyje ir padėsite jam išlaikyti visus išbandymus. Jo laukia daug spąstų, kurie pasirodys iš polio ir lubų. Kai kurie judės koridoriais ir jums teks vikriai manevruoti, kad nesusidurtumėte su jais. Sutikę monstrus, nebandykite su jais kovoti, nes jūsų herojus yra neginkluotas, jums geriau prasmukti pro juos nepastebimai arba tiesiog peršokti ir tęsti savo kelią žaidime Kingdom of Ninja 2. Surinkite kiekvieną monetą ir požemis vėl bus saugus.