Iki šiol Mario turėjo kovoti tik su piktais grybais, sraigėmis ir kitais savo amžinojo priešo Bowserio pakalikais. Tačiau tai tik gėlės, palyginti su tuo, kas jo laukia „Super Mario Commander“. Klastingas išpuolis iš kosmoso buvo netikėtai įvykdytas prieš Mario pasaulį. Baisūs ir žiaurūs padarai, ginkluoti iki dantų, sukėlė chaosą kadaise taikioje karalystėje. Mario turės imtis rimto ginklo ir atlikti super herojaus vaidmenį. Ir kad jam pasisektų, padėkite santechniko meistrui sau naują vaidmenį. „Super Mario Commander“ būtina išvalyti kosminių piratų platformas ir vėl sugrąžinti pasaulį į žemę.