Viskas keičiasi laikui bėgant, pasikeitė ir Mario pasaulis. Jei anksčiau visi priešai buvo žinomi ir jų nebuvo tiek daug, dabar jie tapo paslėpti ir pavojingesni. „Super Mario“ prieš mafiją mūsų drąsus santechnikas turės susidurti su didele mafijos grupe. Išoriškai tai solidūs vaikinai juodais kostiumais, tačiau iš tikrųjų jie yra tikri banditai, be to, žiaurūs ir negailestingi. Padėkite herojui susidoroti su visais nusikaltėliais. Tikriausiai pirmą kartą herojaus rankose pamatysite galingą šaulių ginklą. Kiekvieno lygio šaudmenų atsargos keisis priklausomai nuo situacijos, tačiau jos visada bus mažiau nei būtina. Todėl kiekvienas šūvis turi pasiekti tikslą. Su viena kulka herojus gali sunaikinti kelis banditus vienu metu, jei jie yra toje pačioje juostoje arba padedant rikošetui „Super Mario Vs Mafia“.