Linksmų pingvinų kompanija nusprendė surengti bėgimo varžybas, kad nustatytų, kuris iš jų yra vikriausias ir greičiausias. Jūs, dalyvaudami žaidime Penguin Run 3D, galėsite dalyvauti šiose varžybose. Prieš jus ekrane bus matomas kelias, einantis į tolį. Jūsų personažas ir kiti pingvinai stovės ant starto linijos. Gavę saulės signalą, jie bėgs pirmyn palaipsniui didindami greitį. Atidžiai pažiūrėkite į ekraną. Mikliai valdydami savo pingviną turėsite pasirūpinti, kad jis apvažiuotų įvairias kliūtis, o svarbiausia – aplenktų savo varžovus. Tam jam gali padėti įvairūs ant kelio išmėtyti daiktai. Surinkęs juos, jūsų personažas gali gauti įvairių papildomų galių.