Princesė Peach vėl buvo pagrobta, Bowseris negali nusiraminti ir laikas išeiti į pensiją, bet vis tiek padovanok jam grožį. Mario turi išeiti į kelią, ir jis taip pat nėra pirmasis žvalumas. Pirmą kartą santechnikas suabejojo savo sugebėjimais ir nusprendė į pagalbą pasikviesti Sonicą, žinodamas, kaip jis gali greitai bėgti ir aukštai šokti. Tuo tarpu, kol atvyks Sonicas, galite valdyti Mario ir padėti jam rinkti monetas bei užšokti ant Bowserio pakalikų. Tada galite pereiti prie „Sonic“, tačiau jis turės rinkti žiedus, tačiau abu herojai turi tą patį tikslą – išgelbėti princesę „Super Mario“ ir „Sonic“.
