Senovėje Japonijoje buvo ordino"Ninja Warriors", kuris kovojo su įvairiais valstybės priešais ir monstrais. Šiandien mes esame žaidime Ninja Defender, mes padėsime vienam karui įeiti į šventyklą ir įvykdyti savo įsakymo galvą. Mūsų herojus keliaudamas per šventyklą įsiskverbia į jo salės. Jam bus užpultas įvairių monstrų. Mūsų personažas ginklus naudos labai panašiai kaip bumerangas. Paspaudus jį į priešą, mes įveiktume jį, o tada objektas grįš. Mes turime perkelti simbolį taip, kad jis atstumtų jį ir taip vėl išmestų. Jei neturėsime laiko tai padaryti, mes prarasime ginklą ir prarasime raundą.