Jaunas berniukas Kioto prisijungė prie slapto nindzių karių įsakymo. Jis buvo išsiųstas į kalnus specialioje šventykloje, kur yra Akademija, kur rengiami visi prasidedantys karai. Šiandien mūsų herojus rengia treniruotę ir jūs padėsite jam vadovauti žaidime „Ninja Academy“. Priešais save ekrane pamatysite savo personažą, stovintį šventyklos kieme. Po juo bus įrengtas specialus skydelis su valdymo klavišais. Su jos pagalba jūs nukreipsite savo herojaus veiksmus. Objektai pasirodys priešais jį iš įvairių pusių. Vadovaudami didvyriui, rankomis ar kojomis turėsite jiems pataikyti tiksliai. Kiekvienas tikslus jūsų smūgis atneš jums tam tikrą taškų skaičių. Išmokę smūgius, pereisite prie įvairių technikų parengimo.