Žmogus-voras kartais, o ypač pastaruoju metu, nutinka neįprastų dalykų. Jis gali eiti miegoti savo namuose ir pabusti visiškai kitoje vietoje. Tai yra tam tikra magija ar super technologija, kurią reikia išsiaiškinti, kol ji nepablogės. Žaidime „Marvel Ultimate Spider-Man Mystery City“ jūs ir super herojus atsidursite paslaptingame mieste, kurio nėra žemėlapyje. Greičiausiai jis yra paralelinėje visatoje. Žmogus-voras nori suprasti, kaip jis gabenamas kosmose ir kodėl būtent čia. Norėdami judėti po miestą. Būtina šokinėti ir nusileisti tiksliai ant mėlynų plytelių, kitaip herojus gali būti sužeistas „Marvel Ultimate Spider-Man Mystery City“.
