Antroje žaidimo Pandemic 2 dalyje tęsite savo misiją sunaikinti visą žmoniją kaip mirtiną pandemiją. Žaidimas prasideda pasirinkus ligos tipą: virusą, bakteriją ar parazitą. Tada pasirinksite infekcijos pradžios tašką. Iš ten turėsite išplisti savo ligą į likusį pasaulį. Paplitę visame pasaulyje, galite pagerinti savo ligą ir padaryti ją taip, kad žmonės ja nesirgtų. Nuolat modifikuokite savo virusą, kad žmonija negalėtų sugalvoti vaistų nuo jo. Taigi žaidime Pandemic 2 palaipsniui sunaikinsite visus planetos gyventojus