Pėda yra lygi maždaug trisdešimt centimetrų, o trys pėdos yra ne daugiau kaip metras. Būtent tokį ūgį mūsų herojus turi 3 pėdų nindzėje 2. Tačiau jo mažas ūgis visiškai netrukdo jam būti herojumi, o tuo, kad jis yra sumanus ir gudrus, tuo įsitikinsite įveikę visus žaidimo lygius. Kiekviename iš jų herojus turės atlikti tam tikrą misiją. Dažniausiai tai yra gelbėti tuos, kurie yra įžeisti, tai yra, silpni ir neapsaugoti. Kovoti teks daug, tad prireiks ne tik aštraus kardo ir šurikeno, bet ir ypatingų magiškų įgūdžių. Juos papildys specialūs gėrimai: sveikata, ištvermė ir nematomumas 3 pėdų nindzėje 2.