Žmogaus voro super galių turintis vaikinas išvyko tarnauti užsienio žvalgyboje ir tapo specialiuoju agentu, kaip Džeimsas Bondas. Bet jam nereikia ginklo, jis susidoroja su savo priešais. Kas atlaisvina tinklą nuo lanko ir supainioja su juo priešą, visiškai jį imobilizuodamas. Mutant Assassin 3D padėsite herojui atlikti misijas pašalindami nepageidaujamus priešo agentus. Naikinimo mechanizmas paprastas: nukreipiate žalią apskritimą į kitą raudoną piktadarį ir paleidžiate tinklą. Jis apgaubia kūną ir priešas nugalėtas. Lygiai taip pat reikia surinkti krūvas pinigų, jie turi būti surinkti norint užbaigti lygį Mutant Assassin 3D.
