Gerai nusiteikęs santechnikas Mario turi varžovą - gudrų ir gudrų Vario. Jis dėl bet kokios priežasties nuolat konkuruoja su herojumi. Slapta jis nori užimti Mario vietą Grybų karalystėje, arčiau gražiosios princesės Persiko. Aną dieną gudrus vaikinas pasiūlė santechnikui surengti bėgimo varžybas. Norėdami laimėti, turite būti pirmieji, pasiekę raudoną vėliavą, mikliai šokinėdami per kliūtis. Padėkite Mario, nenorite, kad Vario laimėtų. Bėgdami stenkitės nepraleisti monetų. Tai ne tik auksas, bet ir būdas pagreitinti herojų, jis bėgs daug greičiau su moneta kišenėje. Jei herojus užkliūva už kliūties, jis grįš „Super Mario vs Wario“ pradžioje.
