Daugumoje esamų žaidimų ninja prieš mus pasirodo kaip drąsus pasiaukojantis didvyris ir kovotojas. Jis drąsiai kovoja su tais, kurie perėjo į tamsiąją pusę arba su tikrais monstrais ir pabaisomis, aštriu kardu vikriai kapoja vaisius ir daržoves ir taikliai meta šurikeno plieno žvaigždes. Žaidime „Run Ninja“ sutiksite visiškai kitokį veikėją. Tiesą sakant, pamatysite tik jo nugarą ir putojančius kulnus. Mūsų nindzė nenori įvaldyti kovos meno, jis neturi savo galimybių ir nusprendė pabėgti iš vienuolyno. Na, tai yra jo pasirinkimas, ir jūs tiesiog turite padėti jam įveikti sunkų kelią, pažymėtą kliūčių tose pačiose duobėse ir spąstais su spygliais „Run Ninja“.
