Grybų karalystė patyrė ateivių invaziją. Ateiviai robotai vaikšto platformomis ir gatvėmis, grasindami visiems gyventojams savo geležiniais nagais. Mario vienintelis sugeba atsispirti agresoriui, jis jau suvalgė grybus, tapo dideliu Super Mario, apsiginklavęs plaktuku ir akmenimis ir pasiruošęs kovai. Padėkite herojui, jis judės gana greitai, o paspausdami pasirinktus mygtukus apatiniame dešiniajame kampe priverskite jį arba mesti akmenis, arba plaktuku smogti priešo galvai. Į didesnius robotus geriau mesti akmenis. O mažiesiems „Super Mario Run“ užtenka stipraus smūgio į galvą.
