Žaidime „Ben 10: Brains vs Bugs“ turėsite padėti juokingam žaliam ateiviui išlaisvinti pagrobtus draugus. Priešais jus ekrane bus matomas jūsų personažas, kuris bus tam tikroje vietoje. Naudodami valdymo klavišus vadovausite jo veiksmams. Jūsų herojus turės eiti tam tikru maršrutu, įveikdamas įvairius spąstus ir kitus pavojus. Pakeliui jis rinks auksines monetas ir kitus naudingus daiktus, kurie atneš jums taškų žaidime Ben 10: Brains vs Bugs ir gali suteikti personažui įvairių premijų. Be to, jūsų veikėjas turės kovoti su klaidomis, kurios atsidurs jo kelyje.