Apokalipsė gali įvykti dėl įvairių priežasčių, žaidime Apocalypse Run padėsite herojui, kuris buvo apokalipsės, atsiradusios dėl mašinų sukilimo, centre. Dirbtinis intelektas, kurio atsiradimo taip laukta ir dėl spartaus vystymosi taip žavėtasi, nusprendė, kad dabar jam nebereikia žmonių. Be to, jie netgi žalingi, nes viską daro ne taip, dažnai elgiasi neracionaliai, niokoja aplinką ir žudo saviškius. Mašinos galvoje susiformavo tvirtas įsitikinimas, kad žmogus yra pagrindinis blogis planetoje ir turi būti sunaikintas. Taip prasidėjo sistemingas žmonijos naikinimas, o Apokalipsės bėgimo herojus nori to išvengti ir jūs padėsite jam kovoti su robotais.
