Nindzė ką tik grįžo iš žygio ir nusprendė aplankyti savo gimtąjį vienuolyną, kuriame mokėsi ir savo mėgstamą mokytoją, kuris suteikė jam didžiulį žinių bagažą ir išmokė valdyti savo kūną bei dvasią. Jis rado vienuolius neviltį ir didelį nusivylimą. Dieną prieš tai raudonasis samurajus užpuolė vienuolyną ir pavogė senovinių akmenų su runomis kolekciją. Tai šventi akmenys, kurie vienuolyne buvo saugomi šimtmečius. Mūsų herojus prisiekė grąžinti viską, kas pavogta, ir iškart leidosi į kelionę. Padėkite „Ninja Run“ herojui įvykdyti jo šventą misiją. Nindzė bėgs, o jūs padėsite jam laiku peršokti kliūtis ir per priešus, rinkdami akmenis.
